AutoDock分子对接
AutoDock分子对接
Song Xudong文件下载
下载PDB文件
以eEF2K和橄榄苦苷为例进行对接
eEF2K的文件，eEF2K-TR，无ATP，ADP的结构，包含CaM
https://www.rcsb.org/structure/7SHQ
橄榄苦苷的文件Oleuropein
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5281544
将文件放在Autodock工作目录（不能有中文路径）
格式转化
使用Open Babel将Oleuropein的sdf文件转化为autodock可用的pdb文件
选择input和output的格式和目录，点击CONVERT进行转换
Autodock对接
软件启动
记得关闭AMD显卡和联想电脑管家
参考：https://www.zhihu.com/question/393216168
对接流程
参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/662465038
打开autodock软件
首先，设置路径，file->perfernce->set,出现下图界面，选择startup directory，把我们刚刚含有5个文件的文件路径拷贝进来。
然后点击Make Default,将它设置为默认路径。
3.对蛋白质进行前处理。点击file->read molecule，选择蛋白质分子
首先，对蛋白质进行除水加氢键。点击edit->delete water，edit->hydrogens->add->ok
把它选择为大分子，点击grid->macromolecules->choose,选择大分子，点击select molecule
得到蛋白质的pdbqt的一个文件，保存即可（注意不要出现特殊符号，下图中的—就有可能导致运行错误）
4.对小分子处理，然后把蛋白质删掉，edit->delete,导入小分子，与蛋白质导入相同的步骤，同样的进行加氢处理，ligand->input->choose,选择小分子作为ligand，同时对扭转键进行检测。ligand->torsion tree->detect root
ligand->torsion tree->choose torsions
done
红色的是不可以被扭转的，绿色的是可以扭转的
输出小分子，ligand->output->save as PDBQT,得到小分子的pdbqt格式的文件。
四，开始对接。
删掉当前的小分子。
先把蛋白质导入进来，点击Grid->macromolecules->open,选择蛋白质大分子。后面出现的选项全部选择yes，确定。
接着导入小分子，Grid->set map types->open ligand
此时开始对接，对参数进行一些设置，点击grid->grid box出现一个立方体
由于我们不知道大概的结合位点在哪里，需要调节这个三位参数，把蛋白质和小分子都包含在内，可以通过旋转观察否包含在内。
到这个程度就可以了。
点击dejavu gui，即这个图标
点击root,选择小分子，把图中的对钩取消勾选
此时，用右键把小分子拖出到立方体外，此时，再把刚刚取消勾选的√给勾上。再点击刚刚打开窗口的file，close saving current
点击grid->output->save GPF
保存为1，后缀如果不能正常出现的话，手动输入后缀gpf。
点击保存（注意，不要出现中文字符或者空格以及特殊符号）
点击run->autogrid
browse 我们的gpf文件
会生成一个glg文件
点击launch，生成一个新窗口，等待这个窗口运行完毕。
运行完毕，数据文件夹中会多出很多map结尾的文件，还有一个glg文件。
点击Docking->macromolecules->set rigid file name,打开蛋白质大分子。再点击docking-》ligand->choose->选择小分子->set as ligand,然后点击接受。
点击Docking->search parameters->genetic algorithm
第一排是对接次数，我这里选择50次（官方建议对接50次），点击accept。
接着Docking->docking parameters->accept。
docking->output->lamarckian(4.2),输出文件，后缀同样手动添加dpf，点击保存。
点击run->run autodock
browse刚刚保存的dpf文件，生成一个dlg文件，点击launch，等待程序运行。（对接时间较长，框体自动关闭为完成）
文件夹中dlg文件生成好之后，可以删掉所有的分子，点击edit->delete->all molecules.
五、对结果进行分析
analysis->docking->open
打开dlg文件,点击确定，点击analyze-》macromolecule->open,等待大分子出现，接着点击analyze-》conformations-》play ranked by enanergy,出现一个新窗口如下图
点击倒数第二个按钮，即
出现新的窗口，点击build H-bond，点击show info,
出现新的窗口，得到第一次对接结果的结合能数据，形成氢键个数等等。
点击analyze-》conformations-》load…查看其它结合能信息
接着，点击write complex，
输出格式为pdbqt的文件，手动输入后缀
保存后，用openbabel将格式转化为pdb格式，接着就可以用pymol（pymol安装看开源版pymol的下载与安装（写给自己） - 知乎 (zhihu.com)）打开查看对接结果以及绘图。
*用pymol输出图片*
- 打开pymol，file-》open，选择pdb格式的文件。
2.点击pymol右下角的s，可以显示出氨基酸残基
这里的UNL是小分子，后面的是蛋白质残基。
