DICOM图像元数据解析DICOM（数字影像和通信）是一种用于医学成像的标准格式，广泛应用于医疗领域。它包含了丰富的元数据，用于描述患者信息、设备信息、图像特征等。以下是对您提供的字段的逐一解释：
1. 文件元信息（File Meta Information）
Filename: 文件的名称。
FileModDate: 文件的修改日期。
FileSize: 文件的大小（以字节为单位）。
Format: 文件的格式（如DICOM）。
FormatVersion: 文件格式的版本。
Width, Height: 图像的宽度和高度（以像素为单位）。
BitDepth: 图像的位深（如8位、16位）。
ColorType: 图像的颜色类型（如单色、彩色）。
FileMetaInformationGroupLength: 文件元信息组的长度。
FileMetaInformationVersion: 文件元信息的版本。
MediaStorageSOPClassUID: 媒体存储的SOP类UID。
MediaStorageSOPInstanceUID: 媒体存储的SOP实例UID。
Transfer ...
生物信息学
未读进阶基本命令
clc,clear%doc fullfilef1 = '111\222\333.m';f2 = fullfile('111','222','333.m');f3 = strcat('111\','222\','333.m');f4 = ['111\','222\','333.m'];%filesep可以代替\f5 = ['111',filesep,'222',filesep,'333.m'];%fileparts用来分割文件路径，文件名，和后缀[filepath,name,ext] = fileparts(f1);%只想返回文件名[~,name1] = fileparts(f1);%只想返回后缀[~,~,ext1] = fileparts(f1);%find 查找某值位于的位置a = 1:2:10;%等于为==，大于>，小于b = find(a==5);%genpath 某文件夹下的所有文件夹,包括子文件夹p = genpath("D:\MATLAB\work2");%addpath 添加环境变量%zip 压缩文件%zip(zipfilename,filenames ...
生物信息学
未读安装参考B站资源和破解方法
https://www.bilibili.com/video/BV1DoAweWENJ/?spm_id_from=333.788.top_right_bar_window_default_collection.content.click
成功安装，可以使用
基本函数参考教程：https://www.bilibili.com/video/BV1bv411B7wX?spm_id_from=333.788.videopod.episodes&vd_source=b938c9620af06f4224f5fd4db315cbd4
查看帮助help或者doc加上想要查看帮助的函数
help mkdirdoc mkdir
路径
cd ..
cd …
语法和linux基本操作一致，较为简单
简单尝试%这是一个测试文件%清空变量和界面clc,clear%print work directory pwd%make directory mkdir 123%remove directory rmdir 123%list ls%尝试声明变量 ...
LLM大模型的概念参考视频：https://www.bilibili.com/video/BV1XS411w7qr?spm_id_from=333.788.videopod.episodes&vd_source=b938c9620af06f4224f5fd4db315cbd4&p=2
LLM（Large Language Models）大模型指的是使用大量参数和数据的语言模型，它们能够理解和生成自然语言文本。这些模型通常基于深度学习技术，尤其是变换器（Transformer）架构。
LLM是AI在自然语言处理（NLP）领域的一种应用，它们能够理解和生成自然语言，应用于机器翻译、文本摘要、问答系统等众多场景。
生成式AI的概念
ChatGPT也是AI的一个实例，它利用了LLM的强大能力，通过对话的形式与用户交互。
可以理解为生成式AI是机器学习、深度学习的高阶体现。
生成式AI的使用生成ChatGPT的API收费，但刚创建账号时有一定额度，会到期！
https://platform.openai.com/settings/organiz ...
先使用rna-seq的环境
conda activate rna_p3
创建metagenomic分析环境
conda create -n metagenomicconda activate metagenomic
安装kneaddata
conda install -c biobakery kneaddata
下载数据参考： https://blog.csdn.net/Mr_pork/article/details/139743229
这是一个 人类的 结直肠癌 的宏基因组数据，我们选择其中的10个样进行分析
需要数据的文件名，使用prefetch 下载数据，该软件在rna-seq的流程中有
SRA.txt
选择样本的metadata
nohup prefetch -f no --option-file SRA.txt &
可以加 -O 选择输出路径
-O|--output-directory <目录>：保存文件的目录。
直接在超算中输入命令下载，并没有使用sbatch提交作业命令
查看后台任务jobs#或 ...
Ribo-seq的介绍https://www.cell.com/cell-metabolism/fulltext/S1550-4131(22)00541-1?uuid=uuid%3A1357b65f-e2ff-45e2-a40c-7a90f3170be5#mmc2
核糖体分析 (Ribo-seq) 和蛋白质基因组学的最新进展已经鉴定出数千种未注释的肽和小蛋白质、微生物蛋白质 (MP)，由哺乳动物基因组中的小开放阅读框 (smORF) 编码。
核糖体分析，也称为 Ribo-seq，可生成核糖体保护 RNA 片段 (RPF) 的全基因组分配和定量 ，从而提供整个转录组的翻译（翻译组）的实时快照。
RFs（Ribosome footprints）：核糖体足迹
使用rna-seq的环境
conda activate rna_p3
测试参考文章
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1525001621001337?via%3Dihub#mmc1
参考数据
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/quer ...
生物信息学
未读文件下载下载PDB文件以eEF2K和橄榄苦苷为例进行对接
eEF2K的文件，eEF2K-TR，无ATP，ADP的结构，包含CaM
https://www.rcsb.org/structure/7SHQ
下载PDB Format
橄榄苦苷的文件Oleuropein
https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5281544
下载2D Structure
将文件放在Autodock工作目录（不能有中文路径）
格式转化使用Open Babel将Oleuropein的sdf文件转化为autodock可用的pdb文件
选择input和output的格式和目录，点击CONVERT进行转换
Autodock对接软件启动
记得关闭AMD显卡和联想电脑管家
参考：https://www.zhihu.com/question/393216168
对接流程参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/662465038
打开autodock软件
首先，设置路径，file->perfernce->set,出现下图界面，选择startup ...
创建环境conda create -n rna_p3 python=3 sra-tools conda env list #查看环境conda activate rna_p3 #进入conda 环境，每次开始分析都要进入环境！！conda deactivate #退出当前conda环境
上游分析软件下载conda install -y 软件名=版本号
例如sra-tools
conda install bioconda::sra-tools
具体下载可在conda官网找到 https://anaconda.org/
下载
质控清洗：fastqc multiqc trim-galore比对计数： hisat2 subread samtools=1.6 salmon
建议一个个安装，顺利完成
示例文件下载参考文章
https:/ ...
论文
未读
Termite Fungus Comb Polysaccharides Alleviate Hyperglycemia and Hyperlipidemia in Type 2 Diabetic Mice by Regulating Hepatic Glucose/Lipid Metabolism and the Gut Microbiota发表日期：2024-7-6
作者：Xiao H, Song X, Wang P, Li W, Qin S, Huang C, et al.
DOI：10.3389/fphar.2024.1445061
分区：中科院2区
影响因子：4.9
引用格式：Xiao H, Song X, Wang P, Li W, Qin S, Huang C, Wu B, Jia B, Gao Q, Song Z. Termite Fungus Comb Polysaccharides Alleviate Hyperglycemia and Hyperlipidemia in Type 2 Diabetic Mice by Regulating He ...
